Arrêt maladie auto-entrepreneur en 2026 : indemnités et démarches

• Les auto-entrepreneurs peuvent toucher des indemnités journalières si : affiliation d’au moins 12 mois, activité en cours, cotisations à jour et revenu annuel minimum de 4 582 € en 2026.
• Le montant se calcule à partir du revenu moyen des 3 dernières années (revenu moyen ÷ 730). Pour les artisans, commerçants et professionnels libéraux relevant du régime général, il est compris entre 6,28 € et 65,84 € par jour en 2026. Les professionnels affiliés à la Cipav bénéficient d'un plafond spécifique de 197,51 € par jour.
• Les auto-entrepreneurs salariés sont indemnisés sur la base de leur salaire.
• En cas d’arrêt de travail, les démarches d’indemnisation sont effectuées auprès de la CPAM, et non de l’URSSAF. L’auto-entrepreneur doit toutefois continuer à déclarer le chiffre d’affaires réellement encaissé pendant son arrêt.

Les 4 conditions à remplir pour percevoir des indemnités journalières :

Les auto-entrepreneurs commerçants ou artisans peuvent bénéficier d'indemnités journalières en cas d'arrêt de travail pour cause de maladie ou d'accident.

Il faut pour cela remplir les quatre conditions suivantes :

• Être inscrit à un régime obligatoire de la sécurité sociale depuis au moins un an (12 mois continus d’affiliation). Si vous étiez soumis à un autre régime lors d’une précédente activité professionnelle, la période d’affiliation peut être comptée s’il n’y a pas eu d’interruption entre vos deux activités.
• Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.
• Être à jour dans le paiement de vos cotisations sociales
• Avoir un revenu d'activité annuel moyen (RAAM) d'au moins 4 582 € après application de l'abattement forfaitaire.

A noter que le montant de votre indemnité journalière correspond à 1/730e de votre revenu d'activité annuel moyen (RAAM) des trois dernières années.

Tout comprendre sur la sécurité sociale des auto-entrepreneurs

Calculer simplement son revenu d'auto-entrepreneur

Pour bien comprendre vos droits, il faut d’abord savoir comment se détermine votre revenu.

L'abattement réalisé sur le chiffre d'affaires de votre auto-entreprise correspond à la part des charges estimées. Il varie selon la nature de votre activité professionnelle. 

Comment calculer son revenu d'auto-entrepreneur ?

Cas 1 - Vous êtes affilié à la Sécurité sociale des indépendants (SSI) 

Si vous exercez une profession libérale non réglementée et êtes affilié au régime général pour votre retraite, vous respectez les mêmes conditions que les artisans et commerçants (article L131-6 du Code de la sécurité sociale).

Pour être automatiquement rattaché à la Sécurité sociale des auto-entrepreneurs, vous devez avoir ouvert votre micro-entreprise libérale après le 1er janvier 2018. 

Cas 2 - Vous êtes affilié à la Cipav

Depuis la loi de financement pour la sécurité sociale de 2021, les indemnités journalières en cas de maladie ou accident sont enfin ouvertes aux professions libérales affiliées à la Cipav.

Il vous faudra alors répondre aux conditions suivantes : 

• Avoir un revenu annuel au moins égal à 4 582 euros
• Être affilié depuis au moins 1 an à la Cipav, à partir de la date de l’arrêt de travail 

Si vous êtes salarié et auto-entrepreneur à titre complémentaire, vous restez affilié au régime général de la sécurité sociale en tant que salarié. Le calcul de vos indemnités journalières se base alors sur votre salaire, sans tenir compte de vos revenus d’auto-entrepreneur. 

La situation diffère si vous êtes auto-entrepreneur à titre principal, vous serez couvert en cas de maladie en tant qu’indépendant au sein du régime général. 

Conditions d'accès aux indemnités journalières pour un arrêt de travail de moins de 6 mois 

Pour être en mesure de toucher des indemnités en tant qu’indépendant et salarié, vous devez répondre l’un de ces deux critères : 

• Cumuler 150 heures de travail salarié sur une période 90 jours avant l’arrêt maladie ou accident (soit trois mois civils)

ou

• Sur une période de 6 mois avant l’arrêt de travail, avoir réglé vos cotisations sur un salaire dont le montant est au moins équivalent à 1 015 fois le montant du SMIC horaire brut. Cela correspond à 12 200,30 € pour un arrêt débutant avant le 1er juin 2026, et à 12 494,65 € pour un arrêt débutant à partir du 1er juin 2026 (SMIC revalorisé à 12,31 €).

Conditions d'accès aux indemnités journalières pour un arrêt de travail de plus de 6 mois 

 Vous bénéficiez d’une indemnisation seulement si vous répondez à l’une de ces deux situations : 

• Vous êtes immatriculé auprès de l’Assurance maladie depuis au moins 12 mois à la date du constat médical ET vous cumulez au moins 600 heures de travail sur ces 12 mois civils précédant votre arrêt (soit 365 jours).

ou

• Sur une période de 12 mois avant l’arrêt de travail, avoir réglé vos cotisations sur un salaire dont le montant est au moins équivalent à 2 030 fois le montant du SMIC horaire brut. Cela correspond à 24 400,60 € pour un arrêt débutant avant le 1er juin 2026, et à 24 989,30 € pour un arrêt débutant à partir du 1er juin 2026 (SMIC revalorisé à 12,31 €).

Commerçant, artisan, libéral, vous souhaitez vous lancer en micro-entreprise mais avez peur de vous y perdre ? Les équipes du Portail Auto-Entrepreneur vous guident dans l’ensemble des démarches à suivre pour concrétiser votre projet de devenir auto-entrepreneur ! 

JE DEVIENS AUTO-ENTREPRENEUR

En 2026, les indemnités journalières des auto-entrepreneurs artisans et commerçants sont comprises entre 6,28 € et 65,84 € par jour. Leur montant correspond à 1/730 du revenu d'activité annuel moyen des trois dernières années.

Modalités de calcul si vous êtes affilié au régime général 

Le montant de votre indemnité journalière correspond à 1/730e de votre revenu d'activité annuel moyen (RAAM) des trois dernières années : 

1/730 X revenu annuel moyen des 3 dernières années = Montant des indemnités journalières

Le montant maximal de 65,84 € par jour correspond à 1/730 du plafond annuel de la Sécurité sociale (PASS), fixé à 48 060 € en 2026.

Par exemple, en tant qu'auto-entrepreneur, Emmanuelle enregistre un revenu d'activité annuel moyen (RAAM) de 12 000 euros sur les 3 années précédentes. Le montant de son indemnité journalière s’élèvera à 16,44 euros, puisque 12 000 ÷ 730 = 16,44.

Notez que les auto-entrepreneurs et solopreneurs ayant un revenu annuel moyen de moins de 4 582€ sur les 3 dernières années n’ont pas droit aux indemnités journalières. Vous pouvez cependant y avoir droit, exceptionnellement, si vous avez opté pour le versement d’une cotisation minimale indemnité journalière.

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Modalités de calcul pour les libéraux affiliés à la CIPAV 

Les règles de calcul sont identiques à celles du régime général : le montant de vos indemnités journalières correspond à 1/730 de votre revenu d'activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années. Cette moyenne de vos revenus est plafonnée à 144 180 € brut, soit 3 fois le montant du PASS (48 060 € en 2026).

Ainsi, ce plafond limite votre indemnité journalière à 197,51 € par jour maximum.

Si vous êtes affilié au régime général 

La période d’indemnisation en cas de maladie ou d’accident s’étend au maximum à : 

• 360 jours en cas d’arrêt maladie, sur une période glissante de 3 ans au titre d'une ou de plusieurs maladies 
• 90 jours en cas de temps partiel thérapeutique, sur une période de 3 ans également 
• 3 ans pour les affections de longue durée (ALD) ou soins de longue durée (SLD). S’il s’agit d’un mi-temps dans ce cadre, cette période est limitée à 270 jours sur une période de 4 ans. 

Si vous êtes affilié à la Cipav

Si vous êtes un professionnel libéral affilié à la Cipav, vous serez indemnisé pour une période maximale de 90 jours, moins 3 jours de carence (donc 87 jours d’indemnisation). 

Le délai de carence 

Comme pour les salariés, les auto-entrepreneurs sont soumis à un délai de carence entre le début effectif de votre arrêt de travail et le versement des indemnités. Celui-ci est de 3 jours pour un arrêt supérieur à 7 jours ou en cas d’hospitalisation. Concrètement, vous commencez à bénéficier de vos indemnités journalière à partir du quatrième jour. 

Il n'y a pas de délai de carence dans les cas suivants : 

• Si vous obtenez un nouvel arrêt de travail à la suite de ce même accident ou en rapport avec la même affection de longue durée (ALD)  
• Grossesse pathologique 
• Une interruption volontaire de grossesse

Pour déclencher l’indemnisation, vous devrez faire parvenir les 2 premiers volets de votre arrêt de travail dans les 48 heures à la CPAM. 

Si vous cumulez votre micro-entreprise avec un emploi salarié, votre employeur devra transmettre à la CPAM les informations nécessaires au calcul de vos indemnités journalières, généralement via la Déclaration Sociale Nominative (DSN).

Peut-on être en longue maladie et auto-entrepreneur ?

Oui, un auto-entrepreneur peut être placé en arrêt pour longue maladie et percevoir des indemnités journalières s’il respecte les conditions de revenu et d’affiliation. Il doit néanmoins continuer à déclarer à l’URSSAF le chiffre d’affaires réellement encaissé pendant cette période.

Une facture émise avant l’arrêt doit ainsi être déclarée au moment de son encaissement. Par exemple, une facture émise en mars et payée en juillet sera intégrée dans la déclaration de juillet.

En cas d’arrêt maladie peut-on devenir et travailler en tant qu'auto-entrepreneur en 2026 ?

Oui, un salarié en arrêt maladie peut devenir auto-entrepreneur, à condition de respecter certains critères.

La création d'une auto-entreprise n'affecte pas ses obligations envers son employeur, ni les indemnités journalières versées par la caisse d’assurance maladie. Cependant, il doit respecter une clause de non-concurrence et ne pas exercer une activité similaire à celle de son employeur ou liée à son arrêt maladie. De plus, l’auto-entrepreneur doit se conformer aux horaires de sorties imposés par son arrêt maladie.

Enfin, il est recommandé de vérifier le contrat de travail pour s'assurer qu'il n'interdit pas l'exercice d'une activité indépendante et, si nécessaire, demander l'autorisation de l'employeur.

L’auto-entrepreneur en arrêt maladie doit-il déclarer ses indemnités journalières aux impôts ?

Non. En micro-entreprise, vous n'avez pas à déclarer vos indemnités journalières perçues au titre d'un arrêt maladie. En effet, votre bénéfice imposable est calculé de manière forfaitaire à partir de votre chiffre d'affaires après application d'un abattement fiscal. Les indemnités journalières n'ont donc pas d'incidence sur ce calcul. Par ailleurs, les indemnités versées au titre d'une affection de longue durée (ALD) exonérante restent exonérées d'impôt sur le revenu.

À qui envoyer la déclaration d’arrêt maladie si l'on cumule les statuts de salarié et d'auto-entrepreneur ?

Vous devez envoyer votre arrêt maladie en tant qu'indépendant à la Sécurité sociale des indépendants, gérée par la CPAM, par lettre ou par e-mail.

Un auto-entrepreneur peut-il continuer son activité d’indépendant alors qu’il est en arrêt de travail suite à un accident survenu lors de son activité de salarié ?

Selon AMELI (l’assurance maladie en ligne), un auto-entrepreneur en arrêt de travail pour maladie doit éviter toute activité non autorisée afin de maintenir le droit à ses indemnités journalières, conformément à l’article L.323-6 du Code de la sécurité sociale.

Par conséquent, il est interdit au patient de s'engager dans une quelconque activité (professionnelle ou non, rémunérée ou non) sans l'autorisation explicite du médecin prescripteur de l'arrêt de travail.

Si, de manière exceptionnelle, le médecin juge que son patient peut exercer une activité durant son arrêt de travail, cette autorisation doit ressortir des modalités prévues par la réglementation applicable à l'avis d'arrêt de travail.

URSSAF ou CPAM : à qui déclarer un arrêt maladie en tant qu'auto-entrepreneur ?

En cas d'arrêt maladie, vous devez transmettre votre avis d'arrêt de travail à votre Caisse primaire d'assurance maladie (CPAM), qui est chargée de l'instruction de votre dossier et du versement des indemnités journalières. En revanche, vous devez continuer à effectuer vos déclarations de chiffre d'affaires auprès de l'URSSAF, même si celui-ci est nul ou réduit pendant votre arrêt.

Un auto-entrepreneur peut-il être indemnisé en cas de burn-out ?

Oui, un auto-entrepreneur peut percevoir des indemnités journalières en cas de burn-out si son état de santé justifie un arrêt de travail prescrit par un médecin et qu'il remplit les conditions d'ouverture des droits (durée d'affiliation, revenu minimum, etc.). Le burn-out n'ouvre pas automatiquement droit à une indemnisation : c'est l'arrêt de travail prescrit par le médecin et accepté par l'Assurance maladie qui permet le versement des indemnités journalières.

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